カッツンカッツン言ってたり、起動しないのは完全に故障ですが、ハードディスクは
消耗品。内蔵、外付けに限らず遅くなる原因として多いです。

デフラグという手もありますが、ハードディスクのデフラグは本当に良いのか？
のように意味無いと思っています。多分、ガリガリ音が少しだけ静かになる程度。

良い検査ソフトが無いので何とも言えませんが、オーソドックスにWindows標準の
ディスクチェックをしてみましょう。

１．［スタート］をクリックし「マイ コンピュータ」をクリック
２．Cドライブのアイコンを右クリックして「プロパティ」をクリック
３．「ツール」タブをクリック
４．［チェックする］をクリック
５．「システムエラーを自動的に修復する」と「不良セクタをスキャンし、回復する」
　　にチェックを入れて［開始］をクリック

時間かかるので覚悟してください。
これでエラーが検出されて自動修復されたらラッキーです。

ダメだったら修理　に出す前に次の項目を読んでください。
こっちの方が多い＝故障ではない

・ ウィルスバスター（2008以前）が入っている

　最新の2009は速くなったという噂なので外しますが、2008以前、特に2007より
　前はひどかったです。電源を入れて起動するまで、砂時計が消えるまで7分とか
　12分かかったり。フォルダを開いても10秒待たされ、メールを受信した後も待たされる。

　解決法としては「ウィルスバスターを消す」とは行かないと思うので、まずは最新にして
　ウィルスチェックしなくて良い項目を設定で外しましょう。

・ 使わないアプリケーションがたくさん入っている

　とりあえずインストールしてみて、起動して満足して半年以上放置。
　こんなのが10個も20個もありませんか？

　意図した時だけ起動するものならまだ良いですが、いつの間にかスタートアップに
　入っていて、Windowsを起動すると一緒に起動して、タスクトレイに出ないから
　気付かない。これを繰り返すと遅くなりますし、レジストリという設定ファイルが
　とても多くなり、俗に言う汚れます。

　まずは自分が入れた覚えのある使っていないソフトは全部消して、最初から
　入っていたやはり使わないソフトも全部消してみましょう。※自己責任で

・ 光学ドライブにCDやDVDがいつも入っている

　これは数秒程度のものですが、Windowsの起動前と起動した後の2回読みます。
　何が入っているのか、起動ディスクなのかを読んで見ているのです。

　ドライブによっては結構長く読むものがあるので、使わない時はケースに入れて
　収納しておきましょう。ドライブのトレイに入れておくのは保管として良くないです。